医保基金是公立医院的重要资金来源。《意见》提出，要深化医保支付方式改革，推行以按病种付费为主的多元复合式医保支付方式，探索对紧密型医疗联合体实行总额付费，科学制定医保总额预算，鼓励各地探索符合中医药特点的医保支付方式。
国家医保局医药服务管理司司长黄华波表示，国家医保局将积极发挥“战略购买者”的职能作用，持续推进符合不同医疗服务特点的支付方式改革，让公立医院有动力合理用药、控制成本，有动力合理收治和转诊患者，从而支持和促进公立医院的高质量发展。
黄华波介绍，从2019年开始，国家医保局在全国30个城市开展了按疾病诊断相关分组付费(即DRG付费)国家试点。目前30个试点城市全部进入了模拟运行，有些城市已经开展了付费工作。
从2020年开始，国家医保局在全国71个城市启动区域点数法总额预算和按病种分值付费(即DIP付费)试点，改变了以往给具体的医疗机构设定总额指标的工作方式，实行区域医保基金的总额控制，住院按病种分值进行付费。目前这71个DIP试点城市已经全部完全了预分组工作。
在国家试点的基础上，一些省份也选了工作积极性比较高、基础条件比较好的城市开展试点，初步摸底大概有100多个。截至目前，全国的DRG、DIP的试点超过200个。
除了试点工作，紧密型县域医共体总额付费机制也在进行完善中。国家医保局会同国家卫健委制定了紧密型县域医疗卫生共同体建设的评判标准和监测指标体系，并且开展监测评估相关工作，指导紧密型县域医共体的发展，推动优质医疗资源下沉到基层医疗卫生机构，从而提高医保基金的使用效率，为广大参保人员提供更加优质的医保服务。
与此同时，国家医保局也在探索符合中医药特点的医保支付方式，不断完善支持中医药传承创新发展的医保政策。黄华波说：“我们会同国家中医药管理局推动中医优势病种按病种付费，鼓励中医与对应的西医病种实现‘同病同质同价’。”
